La primera constancia que se tiene es de mayo de 1907, localizando en una de las bocas un yacimiento que se considero magdeleniense. No va a ser hasta 1989, a través del Speleo Club Cántabro ,cuando se publique información destacable.

Esta cueva tiene un desarrollo de 665 m, con un desnivel máximo de 35 m, sus dos aperturas al exterior fueron surgencias de aguas fósiles. Otra de las curiosidades kársticas de esta cueva es la existencia de una gran uvala (una depresión en el terreno de más de 1 km de diámetro), denominada como Uvala La Magdalena, que supone una gran cuenca de recepción para las aguas superficiales y que alimenta el sistema de la cueva.

La protección de este espacio se debe básicamente a la existencia de seis especies de murciélago que son consideradas como especies a proteger y conservar, tanto es así que se ha restringido cualquier tipo de visita para no perturbar a estos animales.

Se encontraron restos de presencia humana, incluido un cráneo humano datado en la edad de bronce.