Fue en la Edad Media cuando se consolida esta población, que comenzó a citarse en las fuentes como el Concejo de Carrejo y su lugar de Santibañez, que aglutinaba a los vecinos de ambas localidades.
La pérdida de poder eclesiástico ocasionó el avance de los linajes nobiliarios, algo que se consolidó a partir de los siglos XVI, XVII y XVIII, convirtiéndose Carrejo junto a Cabezón de la Sal en el lugar de residencia de las familias acomodadas del Valle, donde dispusieron sus residencias tanto funcionarios reales como militares o miembros de la Inquisición. Posiblemente, debido a la presencia de personas de un nivel económico mayor, encontramos grandes casonas y palacios como la Casona de Carrejo o Palacio de los Haces del siglo XVIII, de estilo barroco que fue declarada Bien de Interés Cultural en 1985 y en donde hoy nos encontramos el Museo de la Naturaleza de Cantabria, o la Casa de la Comillana, construida en el siglo XIX.
Si caminamos por sus calles encontraremos otros ejemplos de vivienda, quizás no tan destacados como las casonas y palacios de las grandes familias, pero sí tan típicos de nuestra comarca, con viviendas que miran al sur y conservan la tipología montañesa, con su balcón entre hastiales, su tejado a dos aguas y su disposición en hilera. Incluso, se conserva algún ejemplo de casa llana, propia del siglo XVI, con su solana y su fachada rota por una puerta con arco de medio punto.
Su ubicación junto al río Saja facilitó la proliferación de molinos hidráulicos, sobre todo a partir del siglo XVII, con la generalización del maíz entre los principales cultivos, encontrándonos también con ejemplo de ello que se conservan a día de hoy.
La localidad de Carrejo se ubica en la llanura aluvial del río Saja, desarrollándose en relación a un antiguo camino que comunicaba Suances con Pisuerga, desde el Medievo o incluso antes.
