El río Saja está catalogado como Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) y, a diferencia de los otros dos ríos designados LIC, éste no protege la totalidad del río, sino que llega desde la cabecera hasta su tramo medio, concretamente hasta el puente de Santa Lucia en las proximidades del núcleo de Cabezón de la Sal. El cauce se encuentra muy encajado en su cabecera, para formar tras la unión del río Argoza (que también está incluido en el LIC) una extensa llanura aluvial, con grandes rocas, vestigio del antiguo efecto de los grandes torrentes que debió llevar cuando el glaciarismo afectaba a esta zona.
Es muy destacable, por su belleza, su paso por la Hoz de Santa Lucia, donde el río se encaja atravesando la Sierra del Escudo de Cabuérniga, en una de sus debilidades geomorfológicas. En la llanura del río Saja es muy común la aparición de paleocauces, es decir, cauces abandonados por la migración del río, que son muy comunes en núcleos de Cabuérniga como Sopeña, Renedo, Valle o Terán.
La vegetación de ribera del río Saja está dominada por las alisedas salpicadas por avellanos, fresnos o sauces. En cuanto a la fauna, destaca la presencia de la nutria (Lutra lutra) ligada a la alta calidad de las aguas que ofrece el río Saja en sus tramos medio y alto. Otros animales que pueden encontrarse en la ribera del río son mamíferos, como el desmán (Galemys pyrenaicus). La pesca de trucha en el río Saja es muy conocida en sus cotos, el más demandado es el de Caranceja porque se puede pescar con cebo natural y se encuentran ejemplares de trucha de gran tamaño en la temporada de pesca, que suele comenzar en abril y termina en julio. En el río Saja se celebran concursos de pesca como el Open de Pesca de Mosca.
Este río dió la energía suficiente a numerosos molinos que, con la llegada del maiz ,empezaron a construirse y se sumaron a los ya existentes.Además se construyen en Santa Lucía dos canales: uno irá a dar servicio a la zona de Carrejo y Cabezón de la Sal; y el otro hacia Cos, Mazcuerras y Villanueva de la Peña. Ambos canales recorren unos 6 km de longitud y en su tiempo alimentaron al menos a 16 molinos.
Los molinos hidráulicos que se encontraban en ambos cauces, eran principalmente harineros aunque a finales de s. XIX en la zona de Cabezón de la Sal irá surgiendo otro tipo de uso: las fábricas de luz. Aprovechando la fuerza hídrica se generaba electricidad, ejemplo de ello es el Molino de Sajón o “Pozo de la Luz” y el Molino “de la Cabroja".
