Todos estos espacios siguen una distribución altitudinal de forma que en las zonas más bajas encontramos prados e invernales, a continuación aparecen los bosques con robles en las vertientes meridionales, y hayas ocupando orientaciones de umbría. En las zonas más altas encontramos bosques de acebos, abedules y espinos, formando lo que se denomina cinturón supramontano, el cual se mezcla con las brañas de montaña. Por encima de estos espacios, encontramos las praderas alpinas que se extienden a lo largo de las cotas más altas del parque. Además de esto, encontramos toda una variedad de escenarios donde ríos y arroyos son los protagonistas; entorno a ellos ,aparece un denso bosque de ribera que, junto a las cascadas y pozas que estos cauces forman, crean increíbles rincones.
La riqueza faunística del parque, como era de esperar, es notable. Este territorio es hogar de especies como nutrias, águilas reales, buitres, jabalíes, lobos, corzos o ciervos, e incluso osos pardos en la zona sur del parque. Muchas de estas especies son fácilmente visibles si paseamos o nos adentramos en el parque, aunque quizá uno de los espectáculos más singulares que este lugar nos ofrece, es el de la berrea del ciervo, la cual tiene lugar cada año a finales del verano y principios del otoño.El clima oceánico templado húmedo, predominante en este lugar y caracterizado por abundantes precipitaciones y por una temperatura suavizada durante todo el año, hace posible que el parque presente prioritariamente un característico color verde. Sobre este fondo siempre verde, cada cambio de estación es un auténtico espectáculo, ofreciendo escenarios completamente diferentes, con variaciones cromáticas increíbles.

La gran importancia natural y ecológica del Parque Saja Besaya queda reflejada en la existencia, dentro de los mismos límites del parque, de varias figuras de protección de la Red Natura 2000, como son: LICs (Lugar de Importancia Comunitaria) de los valles altos del Nansa, Saja y Alto Campoo, y del río Saja; y con la ZEPA (Zona de Especial Protección de Aves) de la Sierra del Cordel y cabeceras del Nansa y Saja.
Sin embargo y, pese a todo ,este espacio no puede ser entendido si no se tiene en cuenta la intervención humana, ya que desde épocas inmemoriales el hombre ha sabido sacar provecho de este medio tan rico en recursos, condicionando así su desarrollo. Durante siglos, los pobladores de los núcleos próximos al parque han basado su economía en la ganadería extensiva y la elaboración artesana de aperos de labranza y todo tipo de objetos de madera. Ésto ha supuesto la deforestación puntual de determinados espacios para la creación de nuevos espacios de pastizal y, por otro lado, la conservación y mantenimiento de diversos espacios forestales con el fin de que sigan siendo una fuente de recursos. Es, por ésto, que cuando hablamos del Parque Saja Besaya, debemos entenderlo como un espacio naturalizado más que como un espacio natural, cuya conservación y mantenimiento depende también de que se mantengan y se continúen haciendo las actividades tradicionales que en él se han venido realizando.
Además de sus valores naturales y etnográficos, el Parque Saja Besaya posee una variedad de lugares que destacan por su geomorfología, lo cual, en muchos casos, ha sido determinante en la creación de espacios singulares. Éste es el caso de la cuenca glaciar de Sejos, en la Sierra del Cordel, donde podemos ver ejemplos de cantos erráticos muy llamativos como son los populares Cantos de la Borrica. Otra singularidad son los bloques de conglomerados de arenisca roja del triásico (de hace unos 225 mil años), frente al conocido como "Molinuco del Diablo, que se levantan y sobresalen entre la vegetación dando al paisaje una imagen fantasmagórica. Además de ésto, en las partes altas de la Sierra del Cordel (zona de Cueto Cordel y Pico Iján), pueden verse afloramientos de rocas plutónicas (formaciones rocosas a partir de un enfriamiento lento, a gran profundidad y en grandes masas del magma) con abundante hierro.