Dentro del territorio de la Mancomunidad, encontramos múltiples espacios naturales protegidos por su gran valor y diversidad. Estamos hablando de espacios definidos por la Red Natura 2000, la cual establece áreas que por su biodiversidad deben de ser protegidas. De este modo, distingue entre los LIC: Lugar de Importancia Comunitaria y las ZEPA: Zona de Especial Protección para las Aves. Figuras que buscan asegurar la supervivencia de las especies y tipos de hábitats en Europa.


Los LICs que encontramos en nuestro territorio son: Liébana, Valles Altos Saja Nansa y Alto Campoo, Escudo de Cabuérniga, Rías Occidentales y Duna de Oyambre, Río Deva, Río Saja, Río Nansa y Cueva del Rejo.


Por otro lado, las ZEPAs acotadas en la comarca son: Desfiladero de La Hermida, Sierra de Peña Sagra y Sierra del Cordel y Cabeceras de Saja y del Nansa.