Existen referencias de época romana a un Portus Vereasueca, lugar que muchos historiadores han relacionado con este puerto, aunque no existen evidencias de ello. Los primeros restos de ocupación y poblamiento se remontan al siglo XII, momento en el que se empieza a consolidar el núcleo como tal. En el año 1210, bajo el reinado de Alfonso VIII, coincidiendo con una época de crecimiento económico y comercial, obtiene el Fuero que supone su consolidación como villa marinera y portuaria, levantándose a un extremo y otro de la ciudadela, el castillo y la iglesia actuales.
En 1297, San Vicente de la Barquera entra a formar parte de la Hermandad de las Villas de la Marina de Castilla junto con Santander, Laredo, Castro Urdiales, Guetaria, Bermeo, Fuenterrabía y San Sebastián. Gracias a este hermanamiento se van a firmar tratados comerciales con otros puertos europeos, cuyo privilegio les va a permitir firmar la paz con puertos pertenecientes a estados en guerra con Castilla.Debido a ésto ,las villas de la Hermandad se van a beneficiar enormemente debido a sus intercambios con otros puertos franceses, holandeses, ingleses e irlandeses. Para hacer progresar ,aún más, las relaciones mercantiles de San Vicente de la Barquera, Enrique IV concedió el 1 de enero de 1469 el privilegio de celebrar un mercado semanal, que a día de hoy se sigue llevando a cabo todos los sábados.
La hermandad se disolvió a finales del siglo XV y las cuatro villas cántabras que habían formado parte de ella, deciden unirse para formar el Corregimiento de las Cuatro Villas de la Mar. La actividad comercial de San Vicente va a mantenerse hasta bien entrado el siglo XVI, por lo que todo este esplendor económico va a plasmarse en la evolución arquitectónica civil, privada y religiosa de la villa.
En 1517 el futuro emperador Carlos V ,en su primer viaje a la Península Ibérica ,para ser coronado Rey de Castilla en Valladolid,se alojó en el convento de San Luis, pasando dos semanas agasajado por los habitantes y autoridades de la villa.
Durante los siguientes siglos ,una consecución de diferentes problemas(varías pestes e incendios, además de la pérdida de su flota al servicio la Armada Invencible) para la villa ,la sumen en una profunda crisis, sin llegar a recuperase hasta el S.XX.
En la actualidad, la localidad de San Vicente de la Barquera, goza de una gran popularidad, siendo uno de los principales destinos turísticos del Cantábrico. Además es un importante eje comarcal, donde acuden vecinos y foráneos por su calidad en la oferta tanto pública como privada.